גיזום שורשים חשוב מאד ליצירת ותחזוקת בונסאי :
1. להפחתה מסויימת בעצמת הצמיחה.
2. לשמירה על מערכת שורשים בריאה וחיונית.
3. לחידוש מערכת השורשים.
העונה המתאימה לבצוע גיזום מערכת השורשים הינה האביב (מרץ-אפריל).
כללים וטכניקה
גיזום שורשים ראשוני של שתיל בוגר למחצה שנרכש במשתלה במטרה לעצבו כבונסאי.
במהלך גיזום השורשים חייבים לשמור על יחס סביר בין הנוף למערכת השורשים. לכן חשוב לגזום גם את השורשים וגם לדלל את העלווה.
גיזום מערכת השורשים של בונסאי קיים יבוצע תוך יצירת מפרצים שיעודדו צמיחת שורשונים רבים יותר בהיקף.
גיזום מערכת שורשים הדרגתי יקטין את נפח מערכת השורשים תוך מעבר למערכת קומפקטית המתאימה יותר לבונסאי:
הסירו כל שורש המצטלב עם שורשים אחרים.
השתמשו בכלים איכותיים המתאימים לסרוק וביצוע גיזום השורשים.
